中心实行主任负责制，设主任1名，由学校任命，全面负责中心的规划、建设、运行与管理；副主任2人，在中心主任的领导下分别具体负责中心的实验室建设与实验教学的具体实施。下属实验室主任以及其他人员实行聘任制，由依托单位按照公开招聘、竞争上岗、定期考核的管理机制聘任，报学校备案。实验室建设与实验教学的管理推行项目制。由各实验室主任和相关人员在中心主任的领导下进行项目申报，中心组织专家论证后实施，配有完备的中期检查和项目验收制度。